Da Norge ble angrepet av Tyskland 9. april 1940, stoppet nesten alle hurtigrutene opp og ble liggende i havnene der de var på tidspunktet, alle med unntak av DS Dronning Maud, som tok seg videre til Kirkenes. Det var på det tidspunktet 15 skip i hurtigrutefart langs kysten.
Norske myndigheter rekvirerte flere skip til transportoppdrag. Tyskerne tok over DS Mira, DS Nordnorge og DS Polarlys i Trondheim og Bergen.
Først 2. juli 1940 kom hurtigrutefarten noe redusert i gang igjen. Fra å ha daglige anløp sommeren 1939 ble seilingene redusert til én fra Bergen og to fra Trondheim sommeren 1940. Utover høsten ble det lagt til en fjerde seiling.
De første hurtigruteskipene som ble direkte rammet av krigen gikk dermed ikke i ordinær hurtigrutefart. DS Sigurd Jarl gikk i lokalfart i Ålesund-området da den ble senket av tyske fly 23. april. DS Nordnorge var rekvirert av tyskerne til troppetransport da den ble senket av britiske krigsskip den 10. mai. DS Dronning Maud var rekvirert av norske myndigheter og fraktet et sanitetskompani da den ble bombet og drev på grunn utenfor Foldvik. DS Prins Olav og DS Ariadne holdt på å evakuere til Storbritannia da de begge ble senket 8. juni.
Både DS Dronning Maud og DS Ariadne var merket som hospitalskip da de ble senket.
Det første skipet i ordinær hurtigrutefart som ble direkte rammet av krigen var Nordenfjeldske Dampskibsselskaps DS Prinsesse Ragnhild. Den gikk ned 23. oktober 1940. Det antas at den gikk på en mine. Til sammen 17 hurtigruteskip forliste som følge av krigshandlingene, 13 av dem under ordinær hurtigrutefart. De fleste ble angrepet av tyske fly eller ubåter, men noen skip ble også ofre for de alliertes krigsmaskin. DS Richard With og DS Barøys forlis som følge av allierte ubåtangrep ble benyttet av Nasjonal Samling i krigspropaganda. Til sammen over 700 nordmenn omkom i hurtigruteforlisene. Vi har ikke oversikt over hvor mange tyskere som var ombord eller omkom. Hurtigruteforlisene i krigsårene var blant krigsforlisene i hjemmeflåten med størst antall omkomne, siden dette var passasjerskip, ofte med mange mennesker ombord da de gikk ned.
Som følge av den farlige situasjonen, og etter hvert mangelen på ordinære hurtigruteskip, ble det satt inn flere avløsningsskip i hurtigrutefart. Situasjonen ble etter hvert prekær. DS Lofoten gikk som siste ordinære hurtigruteskip på nordgående fra Honningsvåg 10. september 1941. DS Richard With gikk sørover fra Honningsvåg som siste sørgående to dager senere, og ble torpedert den 13. september av den britiske ubåten Tigris. 71 passasjerer og 28 i mannskapet omkom. Det ble bestemt at strekningen Tromsø-Kirkenes skulle dekkes med mindre motorkuttere, et samarbeidsprosjekt mellom de fire rederiene, mens resten av ruten skulle opprettholdes med fire ukentlige turer. Den første erstatningshurtigruten var MK Skandfer, innleid av Vesteraalens Dampskibsselskap, som tok turen 23. september 1941 fra Tromsø. Mengden småbåter som gikk i erstatningsrutefart vokste jevnt og trutt. Hele 50 båter var innom som erstatningsskip frem til ordningen ble avviklet i oktober 1944. Enkelte gikk over hundre turer, mange flere titalls. Også erstatningshurtigrutene ble ofre for krigen. MK Uløy, MK Vaaland og MK Moder II ble alle senket på ruta. MK Uløy gikk ned som følge av flyangrep allerede på første tur, utenfor Hamningberg i Båtsfjord kommune. Tre i besetningen og tolv passasjerer omkom.
Erstatningshurtigrutene fraktet til sammen nesten 25 000 passasjerer og over 231 sekker post mellom 1941 og 1944. De gjorde en uvurderlig innsats og var en livsnødvendighet for befolkningen i den nordligste delen av landet. Mannskapene ombord i hurtigrutene som gikk i ordinær hurtigrutefart sør for Tromsø og mannskapene ombord i erstatningshurtigrutene risikerte livene sine for å holde kystnorge i drift under krigen, de har alle en rettmessig plass blant de norske krigsseilerne.
